公元1129年（金太宗天会七年）置邳州刺史，领：下邳、兰陵、宿迁3县。属山东西路。公元1215年（金宣宗贞佑三年），邳州隶于河南路。公元1221年（金宣宗兴定五年），命蒙古刚移山东行省于邳州。

元：元朝初年，并下邳、兰陵、宿迁3县入邳州。公元1271年（元世祖至元八年）邳州隶于归德府。公元1275年（元世祖至元十二年）复立睢宁、宿迁二县，隶邳州，属淮安府。公元1278年（元世祖至元十五年）邳州领下邳、宿迁、睢宁3县，仍属淮安府。公元1290年（元世祖至元二十七年），邳州随归德府属河南行中书省统辖。公元1348年（元顺帝至正八年）升徐州为总管府，邳、宿（安徽宿州）、滕（山东滕州）、峄（山东峄城）四州隶之。

明：明太祖洪武初年，邳州隶于凤阳府。公元1382年（太祖洪武十五年），邳州属淮安府，仍领宿迁、睢宁2县。改葛峄山为岠山。

清：公元1644年（清世祖顺治二年），置江南省（今江苏、安徽东部），邳州随淮安府隶之。设江宁布政司管理民赋。公元1661年（世祖顺治十八年）江南省设左右布政司，以左布政司管理邳州民赋。公元1664年（康熙三年）设江北按察司，管理邳州民赋。公元1666年（康熙五年），邳州随淮安府直隶于江南省。次年，析江南省置江苏省，设江苏布政司管理邳州民赋。公元1724年（雍正二年），升邳州为江苏省直隶州。领宿迁、睢宁2县。公元1733年（雍正十一年），升徐州为府，邳州改属徐州府。睢宁，宿迁二县属徐州府。

公元1912年（民国元年），改州为县，始称邳县。属徐海道。公元1928年（民国十七年），废除道，邳县直属江苏省。公元1938年（民国二十七年），江苏置十个督察区，邳县隶于第九督察区。公元1940年（民国二十九年），中国共产党为抗日之计，析邳县之陇海铁路以北置邳县民主政府，驻铁弗寺（今铁富镇驻地）。隶于山东鲁南第三专署。陇海铁路以南，置邳南行署，隶于八路军运西办事处。公元1942年（民国三十一年）邳南行署改为邳南县，隶于邳、睢、铜、灵连防办事处；同年改为邳睢县，隶于淮北第三专署。公元1939年至1945年（民国二十九年～三十四年），期间，日伪以官湖（今官湖镇）为中心置伪邳县公署，隶于伪淮海省。1943年原邳县之西北及宿羊山（今宿羊山镇）一带属共产党兰陵县民主政府管辖；原邳县之炮车、窑湾一带属共产党宿北县民主政府管辖；龙池一带存国民党邳县游击区。